En 1984, au large de la côte israélienne du Levant, le Dr Galili découvre un site archéologique enfoui sous l'eau depuis des millénaires. Le mystère autour de cette découverte reste d'abord entier. Alors que les fouilles progressent, le voile est levé. Il s'agit en vérité du site préhistorique le plus grand et le mieux préservé jamais découvert le long de la côte méditerranéenne. Atlit Yam - cité de l'âge de pierre datant d'au moins 9000 ans - s'étend par 10 mètres de fond sur plus de 40 000 mètres carrés, et comprend des maisons, des autels, des sépultures nombreuses et intactes contenant plusieurs dizaines de corps, des objets funéraires, des restes de filets et un autel de pierres dressées... un site exceptionnel en informations sur le mode de vie des populations côtières du néolithique! Si les recherches du Dr Ehud Galili ont fait régulièrement l'objet de publications scientifiques depuis la découverte d'Atlit Yam, le site restait inconnu du grand public. Pour la première fois, le film Le Mystère d'Atlit Yam révèle au grand public le résultat de ces 25 années de fouilles exceptionnelles, et dévoile l'histoire de la plus ancienne citée engloutie de l'âge de pierre.